Целями БСЕ проекта являются содействие пространственному развитию и территориальной интеграции в регионе Балтийского моря при помощи определения Еврорегионов как компетентных партнеров для органов государственной власти и международных организаций, а также создание постоянной сети Еврорегионов, которая обеспечит постоянное совершенствование их деятельности и обмен опытом.